Επικράτηση της παραλλαγής Όμικρον στην Αττική, σε ποσοστό 87% με ταυτόχρονη σημαντική μείωση του στελέχους Δέλτα, «βλέπει» το ΕΚΠΑ το οποίο έχει αναπτύξει μια νέα μοριακή μεθοδολογία ευαίσθητης ανίχνευσης και ποσοτικού προσδιορισμού των μεταλλαγμένων στελεχών/παραλλαγών του SARS-CoV-2 σε δείγματα λυμάτων με χρήση μιας σειράς μοριακών μεθόδων και αλληλούχηση επόμενης γενιάς (Next Generation Sequencing/NGS).
Μάλιστα όπως επισημαίνεται πριν από δύο εβδομάδες το ποσοστό επικράτησης της παραλλαγής Όμικρον στην Αττική ήταν μικρότερο του 40% καθώς και η αντίστοιχη μείωση της παραλλαγής Δέλτα.
Στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ), μέσω της συνεργασίας Ερευνητικών Μονάδων των Τμημάτων Βιολογίας, Ιατρικής και Χημείας, στο πλαίσιο έρευνας με επιστημονικό υπεύθυνο τον Καθηγητή Ανδρέα Σκορίλα και διεπιστημονική ομάδα του ΕΚΠΑ που αποτελείται από τους Νικόλαο Θωμαΐδη, Μαργαρίτη Αυγέρη, Αθηνά Μάρκου, Εύη Λιανίδου, Δημήτριο Γουργιώτη, Θεοδώρα Ψαλτοπούλου, Παναγιώτη Αδαμόπουλο, Μάριο Διαμαντόπουλο, Λάμπρο Δημητρακόπουλο, Κατερίνα Γαλάνη, Μάριο Κωστάκη, Κατερίνα Κοντού, Βασίλη Καπέ, Νικόλαο Βούλγαρη και Θάνο Δημόπουλο (Πρύτανης ΕΚΠΑ), έχει αναπτυχθεί νέα μοριακή μεθοδολογία ευαίσθητης ανίχνευσης και ποσοτικού προσδιορισμού των μεταλλαγμένων στελεχών/παραλλαγών του SARS-CoV-2 σε δείγματα λυμάτων με χρήση μιας σειράς μοριακών μεθόδων και αλληλούχηση επόμενης γενιάς (Next Generation Sequencing/NGS).
Επιτήρηση νέων παραλλαγών
Η συγκεκριμένη υπερευαίσθητη μεθοδολογία είναι ιδιαίτερα σημαντική διότι δείχνει την παρουσία και την εκατοστιαία αναλογία των μεταλλαγμένων στελεχών στο σύνολο του πληθυσμού μιας πόλης. Επιπλέον, ανιχνεύει έγκαιρα, ακόμη και από 50ml λύματος ή οποιουδήποτε περιβαλλοντικού δείγματος, νέες μεταλλάξεις και στελέχη/παραλλαγές που μόλις άρχισαν να εισέρχονται στον πληθυσμό. Με τον τρόπο αυτό γίνεται με μεγαλύτερη ευκολία και αξιοπιστία η γονιδιωματική επιτήρηση των νέων στελεχών/παραλλαγών του SARS-CoV-2, καθώς και άλλων ιών ή βακτηρίων, δίνοντας την αναγκαία πληροφόρηση για την επιδημιολογική επιτήρηση καθώς και τον ανασχεδιασμό των νέων εμβολίων και φαρμακευτικών πρωτοκόλλων. Το σχετικό άρθρο δημοσιεύτηκε στο έγκριτο διεθνές επιστημονικό περιοδικό “International Journal of Molecular Sciences”, ενώ έχει κατατεθεί από το ΕΚΠΑ αίτηση για χορήγηση Εθνικού και Διεθνών Διπλωμάτων Ευρεσιτεχνίας.
Η μεθοδολογία πληροί τις προϋποθέσεις τής από 15-3-2021 σχετικής σύστασης της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για την κοινή προσέγγιση κατά τη δημιουργία συστηματικής επιτήρησης του SARS-CoV-2 και των παραλλαγών του στα λύματα. Επιπροσθέτως, ανιχνεύει εγκαίρως νέα στελέχη/παραλλαγές που αρχίζουν να εισέρχονται στην κοινότητα.
Τι έδειξαν τα λύματα
Με την εφαρμογή της νέας μεθοδολογίας έχει ολοκληρωθεί η ανάλυση μεταλλαγμένων στελεχών του SARS-CoV-2 σε δείγματα λυμάτων της Περιφερειακής Ενότητας Αττικής, που συλλέχθηκαν σε καθημερινή βάση κατά το διάστημα 27-12/2021 έως 1-1-2022 από το Κέντρο Επεξεργασίας Λυμάτων της Ψυττάλειας (ΚΕΛΨ). Τα συγκεκριμένα δείγματα υπεβλήθησαν σε έλεγχο ειδικών μεταλλάξεων – γενετικών δεικτών (genetic markers) ολόκληρου του γονιδίου S (Spike) (>100 γενετικοί δείκτες) για τις παραλλαγές ειδικού ενδιαφέροντος (Variants οf Concern – VOC) και τις παραλλαγές υπό διερεύνηση (Variants οf Interest – VOI).
Τα αποτελέσματα της ανάλυσης ανέδειξαν την επικράτηση, σε ποσοστό 87% με σημαντική πολυμορφία, της παραλλαγής Omicron (B.1.1.529 lineage) και την ταυτόχρονη σημαντική μείωση των αντίστοιχων γενετικών δεικτών του στελέχους Delta (B.1.617.2 lineage).
Πιο συγκεκριμένα, διαπιστώθηκε η παρουσία ειδικών μεταλλάξεων (genetic markers) του γονιδίου S (Spike) της παραλλαγής Omicron (B.1.1.529 lineage):
– στο τμήμα “receptor-binding domain/RBD” σε ποσοστό 87% (γενετικοί δείκτες: G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S)
– στο τμήμα “receptor-binding motif/RBM” σε ποσοστό 29% (γενετικοί δείκτες: S477N, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H)
– εκτός των RBD/RBM τμημάτων σε ποσοστό 45% (γενετικοί δείκτες: T547K, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F)
Ταυτόχρονα διαπιστώθηκε, για πρώτη φορά, η παρουσία δύο στελεχών της παραλλαγής Omicron, τα οποία φέρουν (συγχαρτογραφούνται) επιπλέον μεταλλάξεις, και συγκεκριμένα:
– η μετάλλαξη R346K (B.1.1.529+R346K), σε ποσοστό 27%, η οποία έχει αναφερθεί στην παραλλαγή Mu (B1.621)
– η μετάλλαξη A701V (B.1.1.529+A701V), σε ποσοστό 5%, η οποία έχει αναφερθεί στην παραλλαγή Beta (B1.351)
Συνδυασμοί διαφορετικών μεταλλάξεων
Με βάση τα ανώτερα αποτελέσματα διαπιστώνεται η επικράτηση της παραλλαγής Όμικρον στην Αττική (σε ποσοστό 87% από <40% πριν από 2 εβδομάδες) καθώς και η αντίστοιχη μείωση της παραλλαγής Δέλτα. Ταυτόχρονα, η αλληλούχηση του γονιδιώματος του ιού αναδεικνύει σημαντική μεταβλητότητα της ποσοστιαίας αναλογίας ειδικών μεταλλάξεων του γονιδίου S, που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη Spike, υπογραμμίζοντας τη διαφορετική σημασία και βαρύτητα αυτών στη συμπεριφορά του ιού, καθώς και στον αξιόπιστο και ειδικό προσδιορισμό του. Η ανάλυση των δεδομένων της αλληλούχησης επόμενης γενιάς με την παραπάνω μέθοδο δείχνει επιπλέον ότι εκτός της μεταβλητότητας υπάρχουν και αρκετοί συνδυασμοί των διαφορετικών μεταλλάξεων του ιού, που πιθανόν να επικρατούν κάθε φορά με διαφορετική κλινική συμπεριφορά, γεγονός που απαιτεί επαγρύπνηση και πιστή εφαρμογή των μέτρων προστασίας.
Latest News
Εκτροχιάζονται οι δαπάνες για φάρμακα
Ξεπερνούν τον προϋπολογισμό από 44-74% οι ανάγκες για φάρμακα στα νοσοκομεία, στον ΕΟΠΥΥ και στα φαρμακεία – Σύμφωνο Συνεργασίας προτείνει η φαρμακοβιομηχανία
Η αβεβαιότητα σε M&A δεν επιβραδύνει το due diligence στο ESG - Ανάλυση KPMG
Περισσότεροι από τους μισούς dealmakers αναμένουν ότι τα επόμενα δύο χρόνια το due diligence στο ESG θα εντάσσεται στις περισσότερες συναλλαγές
Πόσο έτοιμες είναι οι ελληνικές επιχειρήσεις να υποδεχθούν την AI
Ελλείψεις αλλά και δυνατότητες για την Ελλάδα αποκαλύπτει έρευνα της QuantumBlack, AI by McKinsey για τη διείσδυση της τεχνητής νοημοσύνης στις επιχειρήσεις
Το ιλιγγειώδες ποσό για το οποίο πωλείται το σπίτι της «πραγματικής» Μόνα Λίζα στην Ιταλία
Το κτίσμα του 16ου αιώνα ανήκε στην οικογένεια του Francesco del Giocondo, συζύγου της Μόνα Λίζα
Τι γεύση αφήνει το Euro 2024 στους γερμανούς διοργανωτές
Ο απολογισμός του Euro 2024 αρχίζει - Το ποτήρι φαίνεται «μισοάδειο» ή «μισογεμάτο», είναι θέμα οπτικής γωνίας.
Οι φιναλίστ του Euro 2024 σε αριθμούς – Ποια υπερτερεί; Ισπανία ή Αγγλία;
Ο τελικός Euro 2024 και τι δείχνουν οι οικονομικές και κοινωνικές συνθήκες του πληθυσμού για τις χώρες της Ισπανίας και της Αγγλίας
Αναστέλλει τη λειτουργία της η Betshop.gr - Κατάσχεσε η εφορία τον τραπεζικό λογαριασμό εξυπηρέτησης πελατών της
Η εταιρεία B2B GAMING SERVICES που διαχειρίζεται τη Betshop.gr κάνει γνωστή την κατάσχεση του τραπεζικού λογαριασμού των πελατών της από τις φορολογικές αρχές
Περισσότεροι από 7 στους 10 εργαζόμενους νιώθουν ότι δεν αναγνωρίζεται η συνεισφορά τους
Ποιες είναι οι 10 μεγαλύτερες προκλήσεις που αντιμετωπίζουν οι εργαζόμενοι - Τι δείχνει έρευνα της Reborrn
Η συλλογή έργων τέχνης του Τζιμ Κάρεϊ πωλείται σε δημοπρασία
Ο Τζιμ Κάρεϊ θα παρουσιάσει μια επιλογή από την εκλεκτική συλλογή τέχνης που αντικατοπτρίζει το ζωντανό και δημιουργικό πνεύμα του
Ρεχάγκελ: «Ήξερα ότι έχουμε καταπληκτική ομάδα»
Ρεχάγκελ και Βρύζας μιλούν στην DW με αφορμή τα 20 χρόνια από τον θρίαμβο της Πορτογαλίας και τον αγώνα που δίνουν σήμερα τα αστέρια του 2004 με ομάδα επιλέκτων από όλη την Ευρώπη